Su mayor ventaja es que son programas que permiten una gran velocidad de transferencia. El problema es que, a priori, no ofrecen demasiada seguridad, ya que transmiten sin cifrado. Por ello, para el manejo de datos sensibles es conveniente recurrir a protocolos SSL, TLS o aplicaciones scp o sftp que cumplen con el protocolo SSH, que permiten la transmisión con cifrado. Ya hay muchos programas que contemplan esta posibilidad, incluido algunos de software libre. Por norma general, no existen problemas de compatibilidad entre el sistema operativo del cliente y el del servidor.

	FILEZILLA. Se trata de una aplicación de software libre. Para muchos, es el mejor cliente FTP existente. Entre sus opciones incluye la transmisión segura sftp mediante protocolo SSH y sobre SSL.
	OPENSSH. Fue creado como alternativa abierta a Secure Shell, software propietario (de pago) de la empresa desarrolladora del protocolo homónimo.
	FLASHFXP. Es otra opción de software libre destinada a la transmisión entre servidores. Una de sus particularidades es que permite editar los ficheros on line, lo cual es una ventaja para agilizar el trabajo, ya que permite modificar detalles puntuales, pequeños errores, etc. Permite conexiones seguras SSL y TLS.